PubMed - PubMed

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PubMed
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Forschungszentrum Nationalbibliothek der Vereinigten Staaten von Amerika (NLM)
Veröffentlichungsdatum Januar 1996 ; Vor 24 Jahren ( 1996-01 )
Zugriff
Webseite pubmed .ncbi .nlm .nih .gov

PubMed ist eine kostenlose Suchmaschine, die hauptsächlich auf die MEDLINE- Datenbank mit Referenzen und Abstracts zu Biowissenschaften und biomedizinischen Themen zugreift . Die National Library of Medicine (NLM) der Vereinigten Staaten an den National Institutes of Health unterhält die Datenbank als Teil des Entrez- Systems zum Abrufen von Informationen .

Von 1971 bis 1997 erfolgte der Online-Zugriff auf die MEDLINE-Datenbank hauptsächlich über institutionelle Einrichtungen wie Universitätsbibliotheken . PubMed, das erstmals im Januar 1996 veröffentlicht wurde, leitete die Ära der privaten, kostenlosen MEDLINE-Suche zu Hause und im Büro ein. Das PubMed-System wurde der Öffentlichkeit ab Juni 1997 kostenlos angeboten.

Inhalt

Zusätzlich zu MEDLINE bietet PubMed Zugriff auf:

  • ältere Referenzen aus der Druckversion von Index Medicus aus dem Jahr 1951 und früher
  • Verweise auf einige Zeitschriften, bevor sie in Index Medicus und MEDLINE indexiert wurden, zum Beispiel Science , BMJ und Annals of Surgery
  • Neueste Einträge in Datensätzen für einen Artikel, bevor er mit Medical Subject Headings (MeSH) indiziert und zu MEDLINE hinzugefügt wird
  • Eine Sammlung von Büchern, die als Volltext und andere Untergruppen von NLM-Datensätzen verfügbar sind
  • PMC- Zitate
  • NCBI Bücherregal

Viele PubMed-Datensätze enthalten Links zu Volltextartikeln, von denen einige frei verfügbar sind, häufig in PubMed Central und in lokalen Spiegeln wie Europe PubMed Central .

Informationen zu den in MEDLINE indizierten und über PubMed verfügbaren Zeitschriften finden Sie im NLM-Katalog.

Bis zum 27. Januar 2020 verfügt PubMed über mehr als 30 Millionen Zitate und Abstracts aus dem Jahr 1966, selektiv aus dem Jahr 1865 und sehr selektiv aus dem Jahr 1809. Zum gleichen Zeitpunkt sind 20 Millionen der PubMed-Datensätze mit ihren Abstracts und aufgeführt 21,5 Millionen Datensätze enthalten Links zu Volltextversionen (von denen 7,5 Millionen Artikel verfügbar sind, Volltext kostenlos). In den letzten 10 Jahren (Ende 31. Dezember 2019) wurden jedes Jahr durchschnittlich fast 1 Million neue Rekorde hinzugefügt. Ungefähr 12% der Aufzeichnungen in PubMed entsprechen krebsbedingten Einträgen, die von 6% in den 1950er Jahren auf 16% im Jahr 2016 gestiegen sind. Ein anderer signifikanter Anteil der Aufzeichnungen entspricht "Chemie" (8,69%), "Therapie" (8,39) %) und "Infektion" (5%).

Im Jahr 2016 hat NLM das Indexierungssystem geändert, sodass Publisher Tippfehler und Fehler in indizierten Artikeln von PubMed direkt korrigieren können.

Es wurde berichtet, dass PubMed einige Artikel enthält, die in räuberischen Zeitschriften veröffentlicht wurden. Die Richtlinien von MEDLINE und PubMed für die Auswahl von Zeitschriften für die Aufnahme in die Datenbank unterscheiden sich geringfügig. Schwachstellen in den Kriterien und Verfahren für die Indizierung von Zeitschriften in PubMed Central können dazu führen, dass Veröffentlichungen aus räuberischen Zeitschriften in PubMed gelangen.

Eigenschaften

Website design

Im Oktober 2009 wurde eine neue PubMed-Oberfläche eingeführt, die die Verwendung derart schneller, Google-ähnlicher Suchformulierungen fördert. Sie wurden auch als "Telegramm" -Suchen beschrieben. Standardmäßig sind die Ergebnisse nach "Neueste" sortiert. Dies kann jedoch in "Beste Übereinstimmung", "Veröffentlichungsdatum", "Erstautor", "Letzter Autor", "Zeitschrift" oder "Titel" geändert werden.

Das Design und die Domain der PubMed-Website wurden im Januar 2020 aktualisiert und am 15. Mai 2020 mit den aktualisierten und neuen Funktionen als Standard festgelegt. Viele Forscher, die die Website häufig nutzen, reagierten kritisch.

PubMed für Handhelds / Handys

Auf PubMed / MEDLINE kann über Handheld-Geräte zugegriffen werden, beispielsweise mit der vom NLM erstellten Option "PICO" (für gezielte klinische Fragen). Eine "PubMed Mobile" -Option, die den Zugriff auf eine mobilfreundliche, vereinfachte PubMed-Version ermöglicht, ist ebenfalls verfügbar.

Suche

Standardsuche

Einfache Suchvorgänge in PubMed können durchgeführt werden, indem wichtige Aspekte eines Themas in das Suchfenster von PubMed eingegeben werden.

PubMed übersetzt diese anfängliche Suchformulierung und fügt automatisch Feldnamen, relevante MeSH-Begriffe (Medical Subject Headings), Synonyme, Boolesche Operatoren und 'Nester' der resultierenden Begriffe entsprechend hinzu, wodurch die Suchformulierung erheblich verbessert wird, insbesondere durch routinemäßiges Kombinieren (unter Verwendung des OP) Operator) Textwörter und MeSH-Begriffe.

Die Beispiele in einem PubMed-Tutorial zeigen, wie dieser automatische Prozess funktioniert:

Ursachen Schlafwandeln wird übersetzt als ("Ätiologie" [Unterposition] ODER "Ätiologie" [Alle Felder] ODER "Ursachen" [Alle Felder] ODER "Kausalität" [MeSH-Begriffe] ODER "Kausalität" [Alle Felder]) UND ("Somnambulismus" "[MeSH-Begriffe] ODER" Somnambulismus "[Alle Felder] ODER (" Schlaf "[Alle Felder] UND" Gehen "[Alle Felder]) ODER" Schlafwandeln "[Alle Felder])

Gleichfalls,

Soft Attack Aspirin Prevention wird übersetzt als ("Myokardinfarkt" [MeSH-Begriffe] ODER ("Myokardinfarkt" [Alle Felder] UND "Infarkt" [Alle Felder]) ODER "Myokardinfarkt" [Alle Felder] ODER ("Herz" [Alle Felder] UND "Angriff" [Alle Felder]) ODER "Herzinfarkt" [Alle Felder]) UND ("Aspirin" [MeSH-Begriffe] ODER "Aspirin" [Alle Felder]) UND ("Prävention und Kontrolle" [Unterposition] ODER ("Prävention" [Alle Felder] UND "Kontrolle" [Alle Felder]) ODER "Prävention und Kontrolle" [Alle Felder] ODER "Prävention" [Alle Felder])

Umfassende Suche

Für eine optimale Suche in PubMed ist es erforderlich, die Kernkomponente MEDLINE und insbesondere das von MeSH (Medical Subject Headings) kontrollierte Vokabular zu verstehen, das zur Indexierung von MEDLINE-Artikeln verwendet wird. Sie können auch komplexe Suchstrategien, die Verwendung von Feldnamen (Tags), die ordnungsgemäße Verwendung von Grenzwerten und andere Funktionen erfordern. Referenzbibliothekare und Suchspezialisten bieten Suchdienste an.

Die Suche im Suchfenster von PubMed wird nur für die Suche nach eindeutigen Themen oder neuen Interventionen empfohlen, für die noch keine MeSH-Überschrift erstellt wurde, sowie für die Suche nach kommerziellen Marken von Arzneimitteln und Eigennamen. Dies ist auch nützlich, wenn keine geeignete Überschrift vorhanden ist oder der Deskriptor einen Teilaspekt darstellt. Die Suche mit dem Thesaurus MeSH ist genauer und liefert weniger irrelevante Ergebnisse. Darüber hinaus erspart es den Nachteil der Freitextsuche, bei der die Unterschiede in Rechtschreibung, Singular / Plural oder abgekürzt berücksichtigt werden müssen. Auf der anderen Seite werden Artikel, die kürzlich in die Datenbank aufgenommen wurden und denen noch keine Deskriptoren zugewiesen wurden, nicht gefunden. Um eine umfassende Suche zu gewährleisten, muss daher eine Kombination aus kontrollierten Sprachüberschriften und Freitextbegriffen verwendet werden.

Zeitschriftenartikelparameter

Wenn ein Zeitschriftenartikel indiziert wird, werden zahlreiche Artikelparameter extrahiert und als strukturierte Informationen gespeichert. Solche Parameter sind: Artikeltyp (MeSH-Begriffe, z. B. "Klinische Studie"), Sekundärkennungen (MeSH-Begriffe), Sprache, Land der Zeitschrift oder Veröffentlichungsverlauf (Datum der elektronischen Veröffentlichung, Veröffentlichungsdatum der gedruckten Zeitschrift).

Publikationstyp: Klinische Fragen / systematische Übersichten

Der Parameter für den Veröffentlichungstyp ermöglicht die Suche nach der Art der Veröffentlichung , einschließlich Berichten über verschiedene Arten klinischer Forschung.

Sekundäre ID

Seit Juli 2005 extrahiert der MEDLINE-Artikelindizierungsprozess Bezeichner aus der Artikelzusammenfassung und fügt diese in ein Feld mit dem Namen Secondary Identifier (SI) ein. Das sekundäre Identifikationsfeld dient zum Speichern von Zugangsnummern in verschiedenen Datenbanken mit molekularen Sequenzdaten, Genexpression oder chemischen Verbindungen und IDs für klinische Studien. Für klinische Studien extrahiert PubMed Studien-IDs für die beiden größten Studienregister: ClinicalTrials.gov (NCT-Kennung) und das International Standard Randomized Controlled Trial Number Register (IRCTN-Kennung).

Siehe auch

Eine Referenz, die als besonders relevant eingestuft wird, kann markiert und "verwandte Artikel" identifiziert werden. Falls relevant, können mehrere Studien ausgewählt und verwandte Artikel zu allen von ihnen (in PubMed oder einer der anderen NCBI Entrez-Datenbanken) mithilfe der Option "Verwandte Daten suchen" erstellt werden. Die verwandten Artikel werden dann in der Reihenfolge "Verwandtschaft" aufgelistet. Um diese Listen verwandter Artikel zu erstellen, vergleicht PubMed Wörter aus dem Titel und der Zusammenfassung jedes Zitats sowie die zugewiesenen MeSH-Überschriften mithilfe eines leistungsstarken wortgewichteten Algorithmus. Die Funktion "Verwandte Artikel" wurde als so präzise beurteilt, dass die Autoren eines Papiers vorgeschlagen haben, sie anstelle einer vollständigen Suche zu verwenden.

Zuordnung zu MeSH

PubMed verlinkt automatisch auf MeSH-Begriffe und Unterüberschriften. Beispiele wären: "Mundgeruch" verknüpft (und schließt in die Suche ein) "Mundgeruch", "Herzinfarkt" zu "Myokardinfarkt", "Brustkrebs" zu "Brustneoplasmen". Gegebenenfalls werden diese MeSH-Begriffe automatisch "erweitert", dh enthalten spezifischere Begriffe. Begriffe wie "Pflege" werden automatisch mit "Pflege [MeSH]" oder "Pflege [Unterposition]" verknüpft. Diese Funktion wird als automatische Termzuordnung bezeichnet und ist standardmäßig bei der Freitextsuche, jedoch nicht bei der Suche nach exakten Phrasen (dh beim Einschließen der Suchabfrage in doppelte Anführungszeichen) aktiviert. Diese Funktion macht die PubMed-Suche sensibler und vermeidet falsch negative (verpasste) Treffer, indem sie die Vielfalt der medizinischen Terminologie kompensiert.

PubMed wendet unter folgenden Umständen keine automatische Zuordnung des Begriffs an: durch Schreiben des zitierten Ausdrucks (z. B. "Nieren-Allotransplantat"), beim Abschneiden auf dem Sternchen (z. B. Nieren-Allotransplantat *) und beim Suchen mit Feldbezeichnungen (z. Krebs [ti]).

Mein NCBI

Die optionale PubMed-Funktion "My NCBI" (mit kostenloser Registrierung) bietet Tools für

  • Suchen speichern
  • Filtern von Suchergebnissen
  • Einrichten von automatischen Updates per E-Mail
  • Speichern von Referenzsätzen, die im Rahmen einer PubMed-Suche abgerufen wurden
  • Konfigurieren von Anzeigeformaten oder Hervorheben von Suchbegriffen

und eine Vielzahl anderer Optionen. Auf den Bereich "Mein NCBI" kann von jedem Computer mit Webzugriff zugegriffen werden. Eine frühere Version von "My NCBI" hieß "PubMed Cubby".

LinkOut

LinkOut, eine NLM-Funktion zum Verknüpfen (und Bereitstellen von Volltext) lokaler Zeitschriftenbestände. Rund 3.200 Standorte (hauptsächlich akademische Einrichtungen) nehmen an dieser NLM-Einrichtung teil (Stand März 2010), von der Universität Aalborg in Dänemark bis zu ZymoGenetics in Seattle. Benutzer dieser Institutionen sehen das Logo ihrer Institution im PubMed-Suchergebnis (wenn sich das Journal in dieser Institution befindet) und können auf den Volltext zugreifen. Link Out wird ab dem großen Plattform-Update im Sommer 2019 mit Outside Tool konsolidiert.

PubMed Commons

Im Jahr 2016 ermöglicht PubMed Autoren von Artikeln, von PubMed indizierte Artikel zu kommentieren. Diese Funktion wurde ursprünglich in einem Pilotmodus (seit 2013) getestet und 2016 dauerhaft eingeführt. Im Februar 2018 wurde PubMed Commons eingestellt, da "die Nutzung minimal geblieben ist".

askMEDLINE

askMEDLINE, ein vom NLM entwickeltes Freitext-Abfragetool in natürlicher Sprache für MEDLINE / PubMed, das auch für Handhelds geeignet ist.

PubMed-Kennung

Eine PMID (PubMed-Kennung oder PubMed-eindeutige Kennung) ist ein eindeutiger ganzzahliger Wert1 , der jedem PubMed-Datensatz ab beginnt . Eine PMID ist nicht identisch mit einer PMCID ( P ub M ed C entral id entifier), die die Kennung für alle Werke ist, die in der frei zugänglichen PubMed Central veröffentlicht wurden .

Die Zuordnung einer PMID oder PMCID zu einer Publikation sagt dem Leser nichts über die Art oder Qualität des Inhalts aus. PMIDs werden zugewiesen Briefe an den Herausgeber , Redaktion Meinungen, op-ed Säulen und jedes andere Stück , dass der Editor wählt in der Zeitschrift enthalten, sowie Peer-Review - Papiere. Die Existenz der Identifikationsnummer ist auch kein Beweis dafür , dass die Papiere wurden nicht zurückgezogen wegen Betrug, Inkompetenz oder Fehlverhalten. Der Ankündigung von Korrekturen an Originalpapieren kann eine PMID zugewiesen werden.

Jede Nummer, die im PubMed-Suchfenster eingegeben wird, wird standardmäßig so behandelt, als wäre es eine PMID. Daher kann jede Referenz in PubMed mithilfe der PMID gefunden werden.

Alternative Schnittstellen

MEDLINE ist eine der Datenbanken, auf die über PubMed zugegriffen werden kann. Mehrere Unternehmen bieten über ihre Plattformen Zugriff auf MEDLINE.

Die National Library of Medicine vermietet die MEDLINE-Informationen an eine Reihe privater Anbieter wie Embase , Ovid , Dialog , EBSCO , Knowledge Finder und viele andere kommerzielle, nichtkommerzielle und akademische Anbieter. Bis Oktober 2008 wurden mehr als 500 Lizenzen erteilt, mehr als 200 davon an Anbieter außerhalb der USA. Da Lizenzen zur Nutzung von MEDLINE-Daten kostenlos verfügbar sind, bietet das NLM ein kostenloses Testfeld für eine Vielzahl alternativer Schnittstellen und Ergänzungen von Drittanbietern zu PubMed, einer der wenigen großen, professionell kuratierten Datenbanken, die diese Option bieten.

Lu identifiziert ein Beispiel von 28 aktuellen und kostenlosen webbasierten PubMed-Versionen, für die keine Installation oder Registrierung erforderlich ist. Diese sind in vier Kategorien unterteilt:

  1. Ranking-Suchergebnisse, zum Beispiel: eTBLAST ; MedlineRanker; MiSearch;
  2. Clustering von Ergebnissen nach Themen, Autoren, Zeitschriften usw., zum Beispiel: Anne O'Tate ; ClusterMed;
  3. Verbesserung der Semantik und Visualisierung, zum Beispiel: EBIMed; MedEvi.
  4. Verbesserte Suchoberfläche und Abruferfahrung, z. B. askMEDLINE BabelMeSH; und PubCrawler.

Da die meisten dieser und anderer Alternativen im Wesentlichen auf PubMed / MEDLINE-Daten beruhen, die unter Lizenz von NLM / PubMed geleast wurden, wurde der Begriff "PubMed-Derivate" vorgeschlagen. Ohne dass etwa 90 GB Original-PubMed-Datensätze gespeichert werden müssen, kann jeder PubMed-Anwendungen über die Programmschnittstelle von eutils-application schreiben, wie in "Die detaillierten E-Dienstprogramme: Parameter, Syntax und mehr" von Eric Sayers, PhD, beschrieben. Verschiedene Generatoren für Zitierformate, die PMID-Nummern als Eingabe verwenden, sind Beispiele für Webanwendungen, die die Programmschnittstelle von eutils-application verwenden. Beispielwebseiten sind Citation Generator - Mick Schroeder , Pubmed Citation Generator - Ultraschall der Woche , PMID2cite und Cite this for me .

Data Mining von PubMed

Alternative Methoden , um die Daten in Mine PubMed Verwendung Programmierumgebungen wie Matlab , Python oder R . In diesen Fällen werden Abfragen von PubMed als Codezeilen geschrieben und an PubMed übergeben, und die Antwort wird dann direkt in der Programmierumgebung verarbeitet. Code kann automatisiert werden, um systematisch Abfragen mit verschiedenen Schlüsselwörtern wie Krankheit, Jahr, Organen usw. durchzuführen. Eine kürzlich erschienene Veröffentlichung (2017) ergab, dass der Anteil krebsbedingter Einträge in PubMed von 6% in den 1950er Jahren auf 16% im Jahr 2016 gestiegen ist .

Die Daten, auf die PubMed zugreifen kann, können mithilfe eines inoffiziellen Tools wie MEDOC lokal gespiegelt werden.

Millionen von PubMed-Datensätzen erweitern verschiedene Open-Data- Datensätze zu Open Access , z . B. Unpaywall . Datenanalysetools wie Unpaywall Journals werden von Bibliotheken verwendet, um bei großen Stornierungen zu helfen : Bibliotheken können Abonnements für Materialien vermeiden, die bereits durch offenen Zugriff über offene Archive wie PubMed Central bereitgestellt werden .

Siehe auch

Verweise

Externe Links